Các nhà sử học coi Heydrich là thành viên đáng sợ nhất trong giới tinh hoa của Đức Quốc xã.[1][2][3] Hitler gọi ông là "người đàn ông với trái tim sắt thép".[4] Ông là một trong những kiến trúc sư chính của Holocaust trong những năm đầu chiến tranh, chỉ trả lời và nhận lệnh từ Hitler, Göring và Himmler về tất cả các vấn đề liên quan đến trục xuất, bỏ tù và diệt chủng người Do Thái.

Heydrich là một trong những người đã tổ chức Đêm thuỷ tinh, một cuộc pogrom nhắm vào Do Thái trên khắp nước Đức vào đêm 9–10 tháng 11 năm 1938. Đêm hôm đó, Heydrich đã đánh một bức điện tín tới các văn phòng SD và Gestapo khác nhau, đễ hỗ trợ phối hợp pogrom giữa các lực lượng SS, SD, Gestapo, cảnh sát mặc đồng phục (Orpo), SA, các quan chức của đảng Quốc xã và thậm chí cả các sở cứu hỏa. Trong bức điện tín, Heydrich đã cho phép đốt phá và phá hủy các doanh nghiệp và giáo đường Do Thái, đồng thời ra lệnh tịch thu tất cả "văn thư lưu trữ" từ các trung tâm cộng đồng và giáo đường Do Thái. Bức điện tín ra lệnh rằng "càng bắt được nhiều người Do Thái càng tốt – đặc biệt là người Do Thái giàu có – từ tất cả các quận huyện và bắt giam họ tron các cơ sở giam giữ hiện có... Ngay sau khi bắt giữ, cần liên hệ tới các trại tập trung thích hợp để tống người Do Thái vào trại càng nhanh càng tốt."[70][71] Ước tính là có khoảng 20.000 người Do Thái đã bị bắt đưa đến trại tập trung ngay trong những ngày ngay tiếp đó.[72] Các nhà sử học coi Kristallnacht là khởi đầu của Holocaust.[73]

Khi Hitler yêu cầu một cái cớ cho cuộc xâm lược Ba Lan vào năm 1939, Himmler, Heydrich và Heinrich Müller đã chủ mưu một kế hoạch cờ giả có tên mã là Chiến dịch Himmler. Vào ngày 31 tháng 8 năm 1939, phía Đức dàn cảnh quân Ba Lan tấn công vào trạm phát thanh Đức ở Gleiwitz. Heydrich chính là người đã vạch ra kế hoạch và chính ông đã đi thị sát địa điểm, chỉ nằm cách biên giới Ba Lan khoảng 4 dặm (6,4 km). 150 lính Đức đã được lệnh mặc đồng phục Ba Lan rồi thực hiện nhiều cuộc tấn công dọc biên giới. Hitler đã sử dụng mưu kế này như một cái cớ để khởi động cuộc xâm lược Ba Lan của mình.[74][75]

Theo chỉ thị từ Himmler, Heydrich đã thành lập lực lượng Einsatzgruppen ("lực lượng đặc nhiệm") để đi theo sau quân đội Đức khi Thế chiến II nổ ra.[76] Vào ngày 21 tháng 9 năm 1939, Heydrich đã gửi một thông điệp bằng máy điện báo về "vấn đề người Do Thái tại những lãnh thổ bị chiếm đóng" cho các chỉ huy của tất cả các đội Einsatzgruppen và hướng dẫn vây bắt người Do Thái và đẩy họ vào các ghetto. Ông cũng đã kêu gọi thành lập Judenräte (hội đồng Do Thái) có nhiệm vụ điều tra dân số và thúc đẩy kế hoạch Aryan hóa các doanh nghiệp và trang trại do người Do Thái làm chủ và bằng các biện pháp khác.[lower-alpha 1] Các đơn vị Einsatzgruppen đã theo chân quân đội Đức tiến vào Ba Lan để thực hiện các kế hoạch đã đề ra. Sau đó, tại Liên Xô, họ bị buộc tội vây bắt và tàn sát người Do Thái thông xử bắn và xe chở xăng.[77] Nhà sử học Raul Hilberg ước tính rằng từ năm 1941 đến năm 1945, lực lượng Einsatzgruppen và các đội quân phụ trợ liên quan đã giết chết hơn hai triệu người, trong đó có 1,3 triệu người Do Thái.[78] Tuy nhiên, Heydrich đảm bảo sự an toàn cho một số vận động viên nhất định, chẳng hạn như Paul Sommer, một vận động viên vô địch người Đức gốc Do Thái mà ông đã quen biết từ trước khi gia nhập SS, và đội đấu kiếm Olympic Ba Lan đã thi đấu tại Thế vận hội Mùa hè 1936 mà ông đã có dịp diện kiến.[79]

Vào ngày 29 tháng 11 năm 1939, Heydrich đã đánh một bức điện tín có nội dung về "Cuộc di tản các tỉnh miền Đông mới", nêu chi tiết về việc trục xuất người dân bằng đường sắt đến các trại tập trung và đưa ra hướng dẫn xung quanh cuộc điều tra dân số tháng 12 năm 1939 và sử dụng nó làm cơ sở để thực hiện những vụ trục xuất này.[80] Vào tháng 5 năm 1941, Heydrich đã đề xuất các điều chỉnh với cục trưởng cục quân nhu Eduard Wagner liên quan tới cuộc xâm lược Liên Xô sắp tới, đảm bảo rằng Einsatzgruppen và quân đội sẽ phối hợp tàn sát người Do Thái ở Liên Xô.[81]

Vào ngày 10 tháng 10 năm 1941, Heydrich là sĩ quan cao cấp tại một cuộc họp về "Giải pháp cuối cùng" của RSHA[lower-alpha 2] tại Praha, thảo luận về việc trục xuất 50.000 người Do Thái từ Vùng bảo hộ Böhmen và Mähren đến các ghetto ở Minsk và Riga. Với vị trí của mình, Heydrich là công cụ thực hiện các kế hoạch này kể từ khi Gestapo của ông sẵn sàng tổ chức các vụ trục xuất ở phương Tây và còn lực lượng Einsatzgruppen cũng của ông ta thì tiến hành các hoạt động giết chóc diện rộng ở phía Đông.[82] Các sĩ quan tham dự cũng thảo luận về việc áp giải 5.000 người Do Thái từ Praha và giao lại cho các chỉ huy Einsatzgruppen là Arthur Nebe và Otto Rasch "trong vài tuần tới". Việc thành lập các ghetto nằm trong lãnh thổ Vùng bảo hộ cũng đã được lên kế hoạch, dẫn đến việc xây dựng Theresienstadt,[83] nơi mà cuối cùng sẽ có hơn 33.000 người thiệt mạng. Còn hàng vạn người khác cũng đã đi qua trại tập trung này trên đường đến cái chết ở phương Đông.[84] Năm 1941, Himmler đã gọi Heydrich là "chịu trách nhiệm thực hiện" việc ép buộc di chuyển 60.000 người Do Thái từ Đức và Tiệp Khắc đến Ghetto ở Łódź (Litzmannstadt) ở Ba Lan.[85]

Trước đó vào ngày 31 tháng 7 năm 1941, Hermann Gotring đã ủy quyền bằng văn bản cho Heydrich để đảm bảo sự hợp tác của các nhà lãnh đạo hành chính của các cơ quan chính phủ khác nhau trong việc thực hiện "Giải pháp cuối cùng cho vấn đề Do Thái" trong các lãnh thổ thuộc quyền kiểm soát của Đức.[86] Vào ngày 20 tháng 1 năm 1942, Heydrich chủ trì một cuộc họp mà ngày nay gọi là Hội nghị Wannsee để thảo luận về việc thực hiện kế hoạch.[87][88]